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Era uma vez, o time de basquete da escola secundária Teiko subiu para distinção demolindo toda a concorrência. Os frequentadores dessa equipe tornou-se conhecida como a "Geração dos Milagres". Após terminar o ensino médio, esses cinco estrelas se mudaram para escolas diferente, cada escola tinha uma forte equipe de basquete. No entanto, um fato que poucos jogadores sabem é que havia outro jogador da "Geração dos Milagres", o sexto jogador fantasma. Este jogador misterioso é agora um calouro na Seirin High, uma escola nova com uma poderosa, e pouca conhecida, equipe basquete. Agora, Tetsuya Kuroko, o sexto membro da "Geração dos Milagres", e Kagami, um jogador de talento natural, que passou a maior parte do ensino médio nos Estados Unidos, têm o objetivo de trazer Seirin ao topo do Japão, jogando contra os companheiros antigos de Kuroko, um por um